万方查重和知网查重是两种常用的学术查重工具，它们在使用方法、查重算法、覆盖范围等方面存在一定差距。万方查重主要针对学术期刊、会议论文进行查重，算法相对较为严格，对文献相似度要求较高；而知网查重则更注重对学位论文、硕博论文等大篇幅文献的查重，覆盖面更广，但算法可能相对宽松一些。因此，选择查重工具时需要根据具体需求来决定，如果是发表论文建议使用万方查重，如果是检测学位论文可以考虑知网查重。

此外，万方查重和知网查重在价格、使用便捷性等方面也存在一定差距。万方查重一般需要购买服务或者通过高校机构授权才能使用，费用相对较高；而知网查重则可以通过个人注册账号免费使用，使用门槛较低。因此，对于个人研究者来说，如果经济条件允许且需要更为严格的查重要求，可以选择万方查重；如果预算有限或者只是简单查重，知网查重也是一个不错的选择。